부동산매매법인의 토지등양도소득에대한 법인세적용여부
1.사실관계<구체적으로 기재> 부동산매매업을 주업으로하는 법인이 2014년에 부동산을 경매로 취득하여 일부를 수리및 리모델링하여 수차례로 나누어 매매를 할 예정입니다
2.질의사항
1.위 부동산의 주택과 부수토지를 양도함으로 발생하는 소득은 토지등 양도소득에 대한 법인세가 해당이 되는지요?
2. 위 부동산에 상가건물이 있을 경우는 그 상가건물고 부수토지의 양도차익은 토지등양도소득에 대한 법인세가 해당되는지요?
3.토지등양도차익에 대한 법인세가 해당이 된다면 세율은 10퍼센트 인지 30퍼센트 인지 궁금합니다
 답변 부탁드립니다. 수고하세요
답변일2014-02-19
질문1과 질문3. 부동산매매업을 영위하는 법인이 주택을 양도하는 경우에도 법인세법 시행령 제92조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택의 양도가 아닌 경우
법인세법 제55조의 2 제1항 제2호의 규정에 의하여 토지등의 양도소득에 100분의 10(2014. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용)을 곱하여 산출한 세액을 추가 법인세로 납부하여야 합니다.
질문 2. 상가의 양도차익에 대해서는 법인세법 제55조의2 토지등 양도소득에 대한 과세특례 적용하지 않습니다. 상가 정착토지의 경우 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지에 해당한다면 법인세법 제55조의2 토지등 양도소득에 대한 과세특례 적용되지 않을 것입니다. 
아래의 사례를 참조 하시기 바랍니다.
(서면2팀-2326, 2007.12.21)
【제목】
부동산매매업을 영위하는 법인이 단독주택 등 부동산을 판매한 경우 법인세와 법인세법 제55조의 2의 요건에 해당하는 때에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부담하여야 함
【질의】
(사실관계)
2007.5. 개업한 부동산매매를 업종으로 영위하는 법인으로 단독주택, 아파트 상가건물, 토지 등을 양도
(질의요지)
부동산매매업을 영위하는 법인이 단독주택, 아파트 상가건물, 토지 등을 양도하는 경우 부담해야 할 세목 및 세율
【회신】
1. 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 법인세법 제13조의 규정에 의한 과세표준에 같은법 제55조 제1항의 세율(1억원이하 13/100, 1억원초과 25/100)을 적용하여 계산한 금액(이하 “산출세액”이라 하며, 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세액이 있는 경우에는 이를 합한 금액으로 한다)을 그 세액으로 하는 것이며,
2. 내국법인이 법인세법 제55조의 2 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 같은 항 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 하며, 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용하는 것임.
법인세법 제55조의 2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2010. 12. 30. 개정)
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액 (2010. 12. 30. 개정)
가. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) (2010. 12. 30. 개정)
나. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지 (2010. 12. 30. 개정)
다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산 (2010. 12. 30. 개정)
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2010. 12. 30. 개정)
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2010. 12. 30. 개정)
법인세법 시행령 제92조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① (삭제, 2009. 6. 8.)
② 법 제55조의 2 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2011. 3. 31. 개정)
1. 해당 법인이 임대하는 「임대주택법」 제2조 제3호에 따른 매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택 (2011. 10. 14. 개정)
가. (삭제, 2013. 2. 15.)
나. 5년 이상 임대한 주택일 것 (2011. 10. 14. 개정)
다. 「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다.이하 이 항에서 같다)의 합계액이 6억원[「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원]이하일 것 (2011. 10. 14. 개정)
1의 2. 해당 법인이 임대하는 「임대주택법」 제2조 제2호에 따른 건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택 (2008. 2. 22. 개정)
가. 대지면적이 298 제곱미터 이하이고 주택의 연면적(「소득세법 시행령」 제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149 제곱미터 이하일 것 (2008. 2. 22. 개정)
나. 5년 이상 임대하는 것일 것 (2008. 2. 22. 개정)
다. 「임대주택법」제6조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 6억원 이하일 것 (2011. 10. 14. 개정)
1의 3. 「부동산투자회사법」 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사 또는 「간접투자자산 운용업법」 제27조 제3호에 따른 부동산간접투자기구가 2008년 1월 1일부터 2008년 12월 31일까지 취득 및 임대하는 「임대주택법」 제2조 제3호에 따른 매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우 그 주택 (2008. 2. 22. 신설)
가. 대지면적이 298 제곱미터 이하이고 주택의 연면적(「소득세법 시행령」 제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149 제곱미터 이하일 것 (2008. 2. 22. 신설)
나. 10년 이상 임대하는 것일 것 (2008. 2. 22. 신설)
다. 수도권 밖의 지역에 소재할 것 (2008. 10. 7. 개정)
1의4. 「임대주택법」 제2조 제3호에 따른 매입임대주택[미분양주택(「주택법」 제38조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다. 이하 이 호에서 같다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 법인은 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 사업연도 과세표준신고 시 시장ㆍ군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2009. 4. 21. 개정)
가. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(「소득세법 시행령」 제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것 (2008. 7. 24. 신설)
나. 5년 이상 임대하는 것일 것 (2008. 7. 24. 신설)
다. 수도권 밖의 지역에 소재할 것 (2008. 10. 7. 개정)
라. 가목부터 다목까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 “미분양매입임대주택”이라 한다)이 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)ㆍ군에서 5호 이상일 것[제1호에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 제1호의 3에 따른 매입임대주택이 5호 이상인 경우에는 제1호 또는 제1호의 3에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것] (2008. 7. 24. 신설)
1의 5. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「부동산투자회사법」 제2조 제1호 다목에 따른 기업구조조정부동산투자회사 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제229조 제2호에 따른 부동산집합투자기구(이하 이 항에서 “기업구조조정부동산투자회사등”이라 한다)가 2010년 2월 11일까지 직접 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)을 하는 미분양주택(「주택법」 제38조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지나 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다. 이하 이 항에서 같다) (2009. 12. 31. 개정)
가. 취득하는 부동산이 모두 서울특별시 밖의 지역(「소득세법」 제104조의 2에 따른 지정지역은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 있는 미분양주택으로서 그 중 수도권 밖의 지역에 있는 주택수의 비율이 100분의 60 이상일 것 (2009. 9. 29. 개정)
나. 존립기간이 5년 이내일 것 (2009. 4. 21. 신설)
1의 6. 제1호의 5, 제1호의 8 또는 제1호의 10에 따라 기업구조조정부동산투자회사등이 미분양주택을 취득할 당시 매입약정을 체결한 자가 그 매입약정에 따라 미분양주택(제1호의 8의 경우에는 수도권 밖의 지역에 있는 미분양주택만 해당한다)을 취득한 경우로서 그 취득일부터 3년 이내인 주택 (2011. 6. 3. 개정)
1의 7. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 신탁계약에 따른 신탁재산으로 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자(이하 이 호에서 “신탁업자”라 한다)가 2010년 2월 11일까지 직접 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)을 하는 미분양주택 (2009. 12. 31. 개정)
가. 주택의 시공자(이하 이 조에서 “시공자”라 한다)가 채권을 발행하여 조달한 금전을 신탁업자에게 신탁하고, 해당 시공자가 발행하는 채권을 「한국주택금융공사법」에 따른 한국주택금융공사의 신용보증을 받아 「자산유동화에 관한 법률」에 따라 유동화 할 것 (2009. 9. 29. 신설)
나. 신탁업자가 신탁재산으로 취득하는 부동산은 모두 서울특별시 밖의 지역에 있는 미분양주택(「주택법」에 따른 대한주택보증주식회사가 분양보증을 하여 준공하는 주택만 해당한다)으로서 그 중 수도권 밖의 지역에 있는 주택수의 비율(신탁업자가 다수의 시공자로부터 금전을 신탁받은 경우에는 해당 신탁업자가 신탁재산으로 취득한 전체 미분양주택을 기준으로 한다)이 100분의 60 이상일 것 (2009. 9. 29. 신설)
다. 신탁재산의 운용기간(신탁계약이 연장되는 경우 그 연장되는 기간을 포함한다)이 5년 이내일 것 (2009. 9. 29. 신설)
1의 8. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업구조조정부동산투자회사등이 2011년 4월 30일까지 직접 취득(2011년 4월 30일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하는 수도권 밖의 지역에 있는 미분양주택 (2010. 6. 8. 신설)
가. 취득하는 부동산이 모두 서울특별시 밖의 지역에 있는 2010년 2월 11일 현재 미분양주택으로서 그 중 수도권 밖의 지역에 있는 주택수의 비율이 100분의 50 이상일 것 (2010. 6. 8. 신설)
나. 존립기간이 5년 이내일 것 (2010. 6. 8. 신설)
1의 9. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 신탁계약에 따른 신탁재산으로 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자(이하 이 호에서 “신탁업자”라 한다)가 2011년 4월 30일까지 직접 취득(2011년 4월 30일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하는 수도권 밖의 지역에 있는 미분양주택 (2010. 6. 8. 신설)
가. 시공자가 채권을 발행하여 조달한 금전을 신탁업자에게 신탁하고, 해당 시공자가 발행하는 채권을 「한국주택금융공사법」에 따른 한국주택금융공사의 신용보증을 받아 「자산유동화에 관한 법률」에 따라 유동화할 것 (2010. 6. 8. 신설)
나. 신탁업자가 신탁재산으로 취득하는 부동산은 모두 서울특별시 밖의 지역에 있는 2010년 2월 11일 현재 미분양주택(「주택법」에 따른 대한주택보증주식회사가 분양보증을 하여 준공하는 주택만 해당한다)으로서 그 중 수도권 밖의 지역에 있는 주택수의 비율(신탁업자가 다수의 시공자로부터 금전을 신탁받은 경우에는 해당 신탁업자가 신탁재산으로 취득한 전체 미분양주택을 기준으로 한다)이 100분의 50 이상일 것 (2010. 6. 8. 신설)
다. 신탁재산의 운용기간(신탁계약이 연장되는 경우 그 연장되는 기간을 포함한다)은 5년 이내일 것 (2010. 6. 8. 신설)
1의 10. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업구조조정부동산투자회사등이 2012년 12월 31일까지 직접 취득(2012년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하는 미분양주택 (2011. 6. 3. 신설)
가. 취득하는 부동산이 모두 미분양주택일 것 (2011. 6. 3. 신설)
나. 존립기간이 5년 이내일 것 (2011. 6. 3. 신설)
1의 11. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 신탁계약에 따른 신탁재산으로 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자(이하 이 호에서 “신탁업자”라 한다)가 2012년 12월 31일까지 직접 취득(2012년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하는 미분양주택(「주택법」에 따른 대한주택보증주식회사가 분양보증을 하여 준공하는 주택만 해당한다) (2011. 6. 3. 신설)
가. 시공자가 채권을 발행하여 조달한 금전을 신탁업자에게 신탁하고, 해당 시공자가 발행하는 채권을 「한국주택금융공사법」에 따른 한국주택금융공사의 신용보증을 받아 「자산유동화에 관한 법률」에 따라 유동화할 것 (2011. 6. 3. 신설)
나. 신탁재산의 운용기간(신탁계약이 연장되는 경우 그 연장되는 기간을 포함한다)이 5년 이내일 것 (2011. 6. 3. 신설)
2. 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택 (2008. 2. 22. 개정)
3. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택 (2006. 2. 9. 개정)
4. 그 밖에 부득이한 사유로 보유하고 있는 주택으로서 기획재정부령으로 정하는 주택 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)
③ 법 제55조의 2 제4항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 「소득세법 시행령」 제153조 제1항의 규정에 의한 경우를 말한다. 이 경우 동항 제3호 단서의 규정 중 “농지소재지에 거주하면서 경작”은 “경작”으로 본다. (2011. 6. 3. 개정)
④ 법 제55조의 2 제4항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다. (2012. 2. 2. 개정)
1. 「도시개발법」 그밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득. 이 경우 환지처분 및 체비지는 「소득세법 시행령」 제152조의 규정에 의한 것으로 한다. (2005. 2. 19. 개정)
2. 적격분할ㆍ적격물적분할ㆍ적격현물출자ㆍ조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득 (2012. 2. 2. 개정)
3. 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사가 같은 법에 따른 개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득 (2009. 9. 21. 개정 ; 한국토지주택공사법 시행령 부칙)
4. 주택을 신축하여 판매(「임대주택법」에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 그 면적이 다음 각 목의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득 (2006. 2. 9. 개정)
가. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및 「주택건설기준 등에 관한 규정」 제2조 제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다) (2006. 2. 9. 개정)
나. 건물이 정착된 면적에 5배(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조의 규정에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적 (2006. 2. 9. 개정)
5. 그밖에 공공목적을 위한 양도 등 기획재정부령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)
⑤ 법 제55조의 2 제5항 단서에서 “대통령령으로 정하는 토지등”이란 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (2011. 6. 3. 개정)
1. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 취득에 관한 등기가 불가능한 토지 등 (2001. 12. 31. 신설)
2. 법 제55조의 2 제4항 제2호의 규정에 의한 농지 (2005. 12. 31. 개정)
⑥ 제68조의 규정은 법 제55조의 2 제1항의 규정에 의한 토지 등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건에 의한 토지 등의 양도의 경우에는 동조 제2항의 규정에 불구하고 동조 제1항 제3호의 규정에 의한다. (2003. 12. 30. 개정)
⑦ 법 제55조의 2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 예약매출에 의하여 토지 등을 양도하는 경우에는 그 계약일에 토지 등이 양도된 것으로 본다. (2003. 12. 30. 개정)
⑧ 제7항에 따라 계약일에 토지 등이 양도되는 것으로 보는 경우의 토지 등 양도소득은 제69조 제2항에 따른 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용 중 법 제55조의 2 제1항 제1호 가목 및 나목에 해당하는 지정지역에 포함되는 기간에 상응하는 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금으로 하여 계산한다. 다만, 제69조 제2항에 따른 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 계약금액 및 총공사예정비를 그 목적물의 착수일부터 인도일까지의 기간에 균등하게 배분한 금액 중 법 제55조의 2 제1항 제1호 가목 및 나목에 해당하는 지정지역에 포함되는 기간에 상응하는 금액을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금으로 하여 계산한다. (2009. 6. 8. 개정)
⑨ 법인이 각 사업연도에 법 제55조의 2를 적용받는 2 이상의 토지등을 양도하는 경우에 토지등양도소득은 해당 사업연도에 양도한 자산별로 법 제55조의 2 제6항에 따라 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 양도 당시의 장부가액이 양도금액을 초과하는 토지등이 있는 경우에는 그 초과하는 금액(이하 이 항에서 “양도차손”이라 한다)을 다음 각 호의 자산의 양도소득에서 순차로 차감하여 토지등양도소득을 계산한다. (2009. 2. 4. 개정)
1. 양도차손이 발생한 자산과 같은 세율을 적용받는 자산의 양도소득 (2009. 2. 4. 개정)
2. 양도차손이 발생한 자산과 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득 (2009. 2. 4. 개정)