세관 통관 전 선하증권 양도시 세금계산서 발행 및 과세표준[답변일2014-09-12]
수입통관전에 선하증권을 양도하고(수입물품이 보세구역에 도착하기 전에 양도하는 경우 포함) 선하증권을 양수한 자가 수입통관하는 경우 보세구역내 선하증권의 양도에 대해서는 10%의 부가가치세가 과세되는 것이므로, 선하증권 양도자는 선하증권 양수자에게 세금계산서를 발급하여야 하는 것이며,
이 경우 선하증권 양도에 대한 세금계산서 교부시 과세표준은  선하증권 공급가액에서 세관장이 부가가치세법 제58조 제2항에 따라 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액으로 하는 것이며(부가가치세법 시행령 제61조 제1항 5호 전단), 이 경우에는 이중납부 문제는 발생하지 않는 것이며,
다만, 세관장이 부가가치세법 제58조 제2항에 따라 부가가치세를 징수하기 전에 같은 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 해당 선하증권을 공급하는 자의 과세표준은 선하증권의 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급할 수 있는 것이며(부가가치세법 시행령 제61조 제1항 5호 단서), 이 경우 공급받는 자는 선하증권을 공급한 사업자로부터 수취한 세금계산서상 매입세액과 세관장으로부터 수취한 세금계산서상 매입세액을 모두 공제(환급)받을 수 있으므로(부가가치세법 제38조 1항) 역시 이중납부 문제는 발생하지 않는 것으로 판단됩니다.
부가가치세법 집행기준 1-0-2 【재화의 범위】
재화란 재산 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말하며, 과세대상이 되는 재화의 구체적 범위는 다음과 같다.
ㆍ유 체 물 : 원료, 상품, 제품, 비품, 기계장치, 건축물 등 모든 유형적 물건
ㆍ무 체 물 : 전기, 열, 빛, 에너지 기타 관리할 수 있는 자연력
ㆍ권    리 : 영업권, 산업재산권, 광업권 등 재산 가치가 있는 권리
ㆍ기    타 : 선하증권, 창고증권, 화물상환증 등
* 부가가치세법 시행령 제61조 【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】
① 법 제29조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 가액”이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다. (2013. 6. 28. 개정)
5. 사업자가 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고, 그 재화를 공급받은 자가 그 재화를 보세구역으로부터 반입하는 경우: 그 재화의 공급가액에서 세관장이 법 제58조 제2항에 따라 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액. 다만, 세관장이 법 제58조 제2항에 따라 부가가치세를 징수하기 전에 같은 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 선하증권의 금액을 공급가액으로 할 수 있다. (2014. 2. 21. 단서개정)
* 법규부가2012-231, 2012.06.07
국내사업자 갑이 국외사업자 A로부터 물품을 매입하면서 발급받은 선하증권을 보세구역 내 국내사업자 을에게 양도하는 경우, 해당 선하증권 양도에 대해서는 부가가치세가 과세(10％) 되는 것이며, 「부가가치세법」 제16조에 따라 세금계산서를 발급하여야 하는 것임