구매확인서가 발급된 영세율매입관련 질문입니다.

예를 들어 여쭤보겠습니다.
당사에서 구매확인서를 발급한 후 A라는 회사에서 200원에 대해서 영세율매입을 받았습니다.
영세율매입시에는 수출용자재로 구매하였으나 이중 100원에 대해서는 내수용으로 물건을 B라는 회사에 판매를 하였을경우

1. A회사는 정상적으로 구매확인서를 받고 발급된 영세율세금계산서이므로 문제가 안되는지요??
부가세통칙 11-24-9를 살펴보면
내국신용장 또는 대외무역법에서 정하는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화는 공급된 이후 당해 재화를 수출용도에 사용하였는지의 여부에 불구하고 영의 세율을 적용한다고 되어 있습니다. 그런데 2011년2월에 삭제가 되었더라구요, 그렇다면 현 시점인 2011년11월에는 이 통칙을 적용 못 받는지 여쭤봅니다
2. 당사에서 영세율로 매입하였더라도 내수용으로 판매한 100원에 대해서는 과세로 매출세금계산서를 발행한다면 문제가 없는지요?
3. 원천적으로 잘못되어 발해된 세금계산서이므로 A회사에 영세율 -100원 수정세금계산서를 발행받고 과세로 100원을 발행해야 하는지요?

(답변일 2011-11-03)
구매확인서에 따른 영세율 적용

귀 질의의 경우 부가가치세법 시행규칙 제9조의2에 따른 정당한 구매확인서의 발급에 따라 영세율로 공급받은 물품에 대하여 공급된 이후 해당 재화를 수출용도에 사용하였는지의 여부에 관계없이 영세율이 적용되는 것으로 귀 사례의 경우에는 수정세금계산서 발급대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단되며 아래의 부가가치세 집행기준을 참고하시기 바랍니다.

*관련규정
부가가치세법 시행령 제24조 【수출의 범위】
② 법 제11조 제1항 제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각 호의 재화가 포함되는 것으로 한다. (2008. 2. 22. 개정)
1. 사업자가 기획재정부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화(금지금은 제외한다) (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)
부가가치세법 시행규칙 제9조의 2 【내국신용장 등의 범위】
① 영 제24조 제2항 제1호 본문 및 영 제26조 제1항 제2호의 2에서 규정하는 내국신용장이라 함은 사업자가 국내에서 수출용원자재ㆍ수출용완제품 또는 수출재화임가공용역을 공급받고자 하는 경우에 당해 사업자의 신청에 의하여 외국환은행의 장이 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료후 20일 이내에 개설하는 신용장을 말한다. (2003. 1. 25. 개정)
② 영 제24조 제2항 제1호 및 영 제26조 제1항 제2호의 2에서 규정하는 구매확인서라 함은 「대외무역법 시행령」 제31조 및 제91조 제11항에 따라 외국환은행의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료후 20일 이내에 발급하는 확인서로서 수출용 재화 또는 용역에 관한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호와 선적기일 등이 기재된 것을 말한다. (2008. 4. 22. 개정)
부가가치세 집행기준 11-24-8 【내국신용장 등에 따른 재화 등의 영세율 적용 범위】
① 외국으로 반출되지 아니하는 재화의 공급과 관련하여 개설된 내국신용장(주한미국군 군납계약서 등)에 의한 재화 또는 용역의 공급은 영세율이 적용되지 아니한다.
② 사업자가 내국신용장의 유효기간 경과 후에 재화를 공급한 것으로서 해당 신용장의 효력이 소멸되지 아니하여 그 대가를 외국환은행에서 원화로 받는 때에는 영세율이 적용된다.
③ 사업자가 수출품 제조용 수입원자재의 사후관리를 관장하는 은행의 장으로부터 전용승인을 받아 다른 수출품 생산업자에게 공급하는 경우에는 영세율을 적용하지 아니한다. 다만, 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 전용하는 경우에는 영세율이 적용된다.
④ 내국신용장에 의하여 재화를 수출업자 또는 수출품생산업자에게 공급하고 해당 수출업자 또는 수출품생산업자로부터 그 대가의 일부로 받는 관세환급금에 대하여는 영세율이 적용된다. 다만, 수출업자 또는 내국신용장에 의하여 완제품을 수출업자에게 공급한 자가 세관장으로부터 직접 받는 관세환급금과 수출품생산업자가 수출대행업자로부터 받는 관세환급금에 대하여는 과세하지 아니한다.
⑤ 수탁자가 자기 명의로 내국신용장을 개설받아 위탁자의 재화를 공급하는 경우에는 위탁자가 영세율을 적용받으며, 이 때 영세율 붙임서류는 수탁자 명의의 내국신용장 사본이다.
⑥ 사업자가 주요 자재의 전부 또는 일부를 부담하고 일부 자재는 거래상대방으로부터 인도받아 제조ㆍ생산한 재화를 거래상대방이 수출하는 경우 해당 사업자 간의 거래는 재화의 공급에 해당하므로 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 경우(금지금은 제외한다)에는 영세율이 적용된다.
⑦ 과세기간 종료 후 20일이 되는 날이 공휴일이어서 그 익일에 구매확인서를 발급받은 경우에는 영세율 적용대상 구매확인서에 해당하지 아니한다.
⑧ 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화는 공급된 이후 해당 재화를 수출용도에 사용하였는지의 여부에 관계없이 영세율이 적용된다.
⑨ 과세기간을 달리하여 공급시기 이전에 발급받은 구매확인서 또는 내국신용장에 의하여 해당 과세기간 중에 재화를 공급하는 경우 영세율이 적용된다.