2012년9월 이후 부과되는 지역건강보험료에 대한 질의
답변일2015-03-18
안녕하십니까? 항상 국세행정에 대한 관심과 협조에 감사드리며, 답변내용이 도움이 되시길 바랍니다.
특별공제는 근로소득자에 한해 공제가 되는 것이므로 귀 질의와 같이 금융소득만 있는 거주자에게는 건강보험료 공제가 불가한 것입니다.
2012년 9월부터 사업소득 및 근로소득을 제외한 연간 종합소득이 7,200만원을 초과하면 직장가입자라도 종합소득에 따라 추가로 보험료가 부과되며 이는 근로소득자인 경우 특별세액공제로 사업소득자인 경우 필요경비로 산입이 가능한 것입니다. 
아래 예규를 참고하시기 바랍니다.
서면법규-182, 2013.02.18
[소득] 보험료소득공제
【제목】
2012.9.1이후 직장가입자인 사업주가 추가로 납부하는 국민건강보험료는 필요경비에 산입하는 것이며, 직장가입자인 근로자가 추가로 납부하는 국민건강보험료는 근로소득에서 공제하는 것임. 
서면법규-183, 2013.02.18
【제목】
「국민건강보험법」에 따라 직장가입자인 근로자가 추가로 납부하는 국민건강보험료는 근로소득에서 소득공제하는 것임.
【질의】
(사실관계)
o 2011.12.31. 「국민건강보험법」 개정으로 2012.9.1. 이후 사업소득자 및 근로자인 직장가입자＊도 사업ㆍ근로소득 외 종합소득이 7,200만원 이상인 경우 종합소득에 보험료(소득월액 보험료)가 부과되는 것으로 건강보험료 부과체계가 바뀜.
* 직장가입자 : 모든 사업장의 근로자 및 사용자와 공무원 및 교직원(국민건강보험법§6②)
- 2012년 9월부터는 사업ㆍ근로소득을 제외한 연간 종합소득이 7,200만원을 초과하면 직장가입자라도 종합소득에 보험료가 부과됨.
- 소득 보험료율은 소득의 2.9％로 가입자가 전액 부담함.
o 관련근거
- 국민건강보험법 제69조(보험료) 및 제71조(소득월액)
- 국민건강보험법 시행령 제41조(소득월액)
(질의내용)
o 근로자가 근로소득 외 종합소득이 7,200만원을 초과하여 직장보험료 외에 추가 부담하는 소득월액 보험료에 대해 근로소득 연말정산 시 보험료 공제 및 사업소득의 필요경비 인정 여부
 【회신】
「국민건강보험법」 제69조 제4항 제2호에 따라 직장가입자인 근로자가 추가로 납부하는 국민건강보험료는 「소득세법」 제52조 제1항 제1호에 따라 근로소득에서 공제하는 것임.
공동사업의 경우 공동사업은 해당 공동사업장을 1거주자로 보므로 지역보험과 직장보험에 상관없이 공동사업구성원의 건강보험료는 공동사업장과 관련된 지출에 해당하지 아니하므로
해당 공동사업자의 필요경비 계산에 있어서 필요경비 산입을 할 수 없는 것으로 판단됩니다.
따라서 구성원의 보험료는 공동사업이 아닌 구성원의 단독사업의 필요경비로 산입하거나 구성원의 근로소득에서 소득공제를 적용받을 수 있는 것으로 다른 종합소득이 없는 경우 구성원의 건강보험료는 필요경비 산입 또는 소득공제 적용을 받을 수 없을 것으로 보입니다.
이는 단독사업자와 공동사업자 간의 세제 적용의 형평성 차이 부분에 있지만 안타깝게도 현행 소득세법상으로는 세제 적용을 받을 수 없을 것으로 보입니다.
[참고조문]
소득세법 43조 【공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례】
① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 “출자공동사업자”라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 “공동사업장”이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다. (2009. 12. 31. 개정)
② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 “공동사업자”라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 “손익분배비율”이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다. (2009. 12. 31. 개정)
직장가입자라도 종합소득에 따라 추가로 보험료가 부과된 경우 이는 근로소득자인 경우 특별세액공제로 사업소득자인 경우 필요경비로 산입이 가능한 것입니다.
다만 이는 금융소득만 있는 자에게는 필요경비나 특별세액공제가 불가하여 불리한 면이 있다고 지적하셨으나 이는 금융소득자들 보다 근로소득과 사업소득이 있는 거주자에게 폭넓은 세제혜택을 주어 근로의욕 및 사업의욕을 향상시키기 위한 취지이지 금융소득자를 불리하게 하기 위한 제도가 아닌 것으로 사료됩니다.
특별세액공제도 동일한 지출에 대하여 사업소득자는 배제하고 근로소득자들에 한해 공제해 주고 있으며, 이는 사업소득자들보다 소득금액 노출이 명백한 근로소득자에게 세제상 혜택을 주기 위한 것과 같은 맹락인 것입니다.
추가로 궁금한점이 있으신 경우에는 인터넷상담에 ‘재질의’(추가질문) 주시거나 국세청 세미래 콜센타 상담전화 ☎126(세법상담 '2번')으로 주시면 성심을 다하여 친절하게 답변드리겠습니다