귀하께서 판매하는 종자(씨앗)가 면세인지 과세인지는 부가가치세법 제12조 1항의 미가공식료품에 해당하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것으로 미가공식료품의 범위는 별표 1 미가공식료품 분류표에 따른 관세율표 제1209호에 해당하는 물품 중 채소종자, 기타 채유용에 적합한 종자와 과실 채유용에 적합한 종자는 부가가치세가 면제되는 것으로 귀 질의의 종자가 이에 해당하는 경우에는 부가가치세가 면세될 것입니다.

​한편, 조세특례제한법 제105조의 규정에 의해 농어민 등에게 공급하는 농업용기자재 및 비료,농약, 사료 등으로 해당 요건에 맞는 것은 영세율적용대상이나, 종자는 농업용 기자재나 비료, 사료 등에 해당하지 않는 경우로 영세율적용대상에 해당하지 않는 것으로 사료됩니다.

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​부가가치세법 제12조 【면세】 

다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (2010. 1. 1. 개정)

​1. 가공되지 아니한 식료품[식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것​

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부가46015-4575, 1999.11.15
【제목】
곡류ㆍ서류ㆍ특용작물류ㆍ과실류ㆍ소채류의 종자와 인경 등 및 산식물(뿌리포함) 등과 버섯의 종균을 수입하여 공급하는 경우의 과세ㆍ면세 여부
【질의】

수입하여 국내 농민 및 농협에 직공급하는 경우(수입산 종자)에 대한 부가가치세 과세 여부를 질의함.

【회신】

​1. 메슬린・호밀・귀리・옥수수・수수・조・참깨・들깨・감자 및 채소의 종자를 수입하여 공급하는 경우에 당해 물품의 종자는 부가가치세법시행규칙 제10조의 규정에 의한 미가공식료품에 해당하여 당해 물품의 수입시 및 국내 공급시 각각 부가가치세가 면제되는 것이며,
2. 부가가치세가 면제되는 미가공식료품에는 해당하지 아니하나 관세의 기본세율이 무세인 물품으로서 관세율표상 제1209호에 분류되는 파종용의 종자・과실 및 포자(채소종자 제외)를 수입하여 공급하는 경우에 당해 물품을 수입하는 때에는 부가가치세법 제12조 제2항 제14호 및 동법시행령 제46조 제18호 및 동법시행규칙 제13조의 3의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나, 당해 물품을 국내에서 공급하는 때에는 부가가치세가 면제되지 아니하는 것임.
3. 관세율표상 제0601호에 분류되는 인경・괴경・괴근・구경 및 근경으로서 휴면상태의 것, 경엽이 성장하고 있는 것 또는 꽃이 피어 있는 것과 치커리 및 치커리 뿌리와 제0602호에 분류되는 기타의 산식물(뿌리를 포함한다)・삽수・접수 및 버섯의 종균을 수입하여 공급하는 경우에 당해 물품의 수입 및 국내 공급에 대하여는 각각 부가가치세가 과세되는 것임.

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​조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의 2는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다. (2011. 12. 31. 후단개정)
5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(「농업협동조합법」, 「엽연초생산협동조합법」 또는 「산림조합법」에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2010. 1. 1. 개정)
가. 「비료관리법」에 따른 비료로서 대통령령으로 정하는 것 (2010. 1. 1. 개정)
나. 「농약관리법」에 따른 농약으로서 대통령령으로 정하는 것 (2010. 1. 1. 개정)
다. 농촌 인력의 부족을 보완하고 농업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 농업용 기계로서 대통령령으로 정하는 것 (2010. 1. 1. 개정)
라. 축산 인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 대통령령으로 정하는 것 (2010. 1. 1. 개정)
마. 「사료관리법」에 따른 사료(「부가가치세법」 제12조에 따라 부가가치세가 면제되는 것은 제외한다) (2010. 1. 1. 개정)
바. 산림의 보호와 개발 촉진에 기여할 수 있는 임업용 기자재로서 대통령령으로 정하는 것 (2010. 1. 1. 개정)
사. 「친환경농어업 육성 및 유기식품 등의 관리ㆍ지원에 관한 법률」에 따른 유기농어업자재로서 대통령령으로 정하는 것 (2012. 6. 1. 개정 ; 친환경농업육성법 부칙)