1) 기존과 동일하게 재화의 수입에 대하여 세관장에게 부가가치세를 함께 신고하고 납부하는 것이며, 구리 스크랩등 수입에 대하여는 구리 스크랩등거래계좌를 사용하여 수입자가 구리 스크랩등을 별도로 수입신고하고 그 구리 스크랩등에 대한 부가가치세액만을 구리스크랩 계좌로 입금하는 방법으로 할 수 있는 것으로 사료됩니다.(선택 적용 가능)

부가가치세법 제50조 【재화의 수입에 대한 신고ㆍ납부】
제3조 제2호의 납세의무자가 재화의 수입에 대하여 「관세법」에 따라 관세를 세관장에게 신고하고 납부하는 경우에는 재화의 수입에 대한 부가가치세를 함께 신고하고 납부하여야 한다. (2013. 6. 7. 개정)

2) 구리 스크랩등 수입업자가 세관에 납부한 부가가치세액은 해당 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)으로 보아 환급할 수 있는 것으로 수입을 할 때에 세관에 납부한 부가가치세액을 환급받으려면 구리 스크랩등 수입업자 부가가치세 환급신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 하는 것입니다.

다만, 사업자가 구리 스크랩등 수입에 대한 부가가치세를 납부한 사실이 확인되는 경우에는 환급신청서를 제출하지 아니할 수 있는 것입니다.

조세특례제한법 제106조의 9 【구리 스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례】
④ 구리 스크랩등 수입에 대한 부가가치세는 「부가가치세법」 제50조에도 불구하고 구리 스크랩등거래계좌를 사용하여 대통령령으로 정하는 방법으로 납부할 수 있다. (2013. 5. 10. 신설)

조세특례제한법 시행령 제106조의 13 【구리 스크랩등에 대한 부가가치세 매입자납부 특례】

⑥ 법 제106조의 9 제4항에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 수입자가 구리 스크랩등을 별도로 수입신고하고 그 구리 스크랩등에 대한 부가가치세를 법 제106조의 9 제3항에 따라 같은 항 제2호의 금액만 입금하는 방법을 말한다. (2013. 11. 29. 신설)

조세특례제한법 시행규칙 제48조의 6 【구리 스크랩등에 대한 부가가치세 매입자납부 특례】
① 영 제106조의 13 제4항에 따라 국세청장으로부터 지정받은 자는 법 제106조의 9 제3항에 따라 매입자가 입금한 부가가치세액(매출세액)의 범위에서 해당 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)을 국세청장이 정하는 바에 따라 해당 사업자에게 환급할 수 있다. (2013. 12. 30. 신설)

② 제1항에도 불구하고 구리 스크랩등을 수입할 때에 세관에 납부한 부가가치세액은 해당 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)으로 보아 환급할 수 있다. (2013. 12. 30. 신설)

③ 구리 스크랩등 수입업자가 제2항에 따른 수입을 할 때에 세관에 납부한 부가가치세액을 환급받으려면 구리 스크랩등 수입업자 부가가치세 환급신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 사업자가 구리 스크랩등 수입에 대한 부가가치세를 납부한 사실이 확인되는 경우에는 환급신청서를 제출하지 아니할 수 있다. (2013. 12. 30. 신설)

④ 제3항에 따라 제출받은 관할세무서장은 부가가치세액의 납부 여부를 확인하여 납부한 경우에는 제1항의 국세청장으로부터 지정받은 자에게 그 사실을 통보하여야 한다. (2013. 12. 30. 신설)