임차기간 만료시 임차인의 부담으로 원상복구를 하는 때에는 임대인에 대한 재화의 공급으로 보지 아니하는 것이나,

임차기간 만료시 임차인이 직접 원상복구를 하지 않고 원상복구에 필요한 대가를 임대인에게 별도로 지급하는 때에는 당해 대가에 대하여 부가가치세가 과세되는 것이므로

귀 사례가 임차인이 직접 원상복구를 하지 않고 원상복구비용을 임대인에게 지급하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이므로 세금계산서를 발급하여야 할 것으로 판단됩니다

아래 사례를 참고하시기 바랍니다.
* 참고
부가46015-1779, 1994.09.01
사업자가 부가가치세가 과세되는 부동산을 임차함에 있어 임차인이 자기의 부담으로 실내장식등을 하고 임차기간 만료시 원상복구 하여 주는 조건으로 임대차 계약을 하였을 경우에,
1) 임차기간 만료시 임차인의 부담으로 원상복구를 하는 때에는 임대인에 대한 재화의 공급으로 보지 아니하는 것이나,
2) 임차기간 만료시 임차인이 직접 원상복구를 하지 않고 원상복구에 필요한 대가를 임대인에게 별도로 지급하는 때에는 당해 대가에 대하여 부가가치세가 과세되는 것임.