임대사업자 등록시 종합소득세는 어떻게 되는지요?

안녕하세요.  임대사업자 등록을 알아보다가 다음의 궁금증이 생겨 문의드립니다.
직장인 근로자로서 1가구 3주택입니다.  2채의 아파트를 임대중이며 단기주택임대사업자 혹은 준공공임대사업자를 고려중입니다.

@ 기본정보:
- 임대대상 1 : 60~85제곱미터, 공시지가 6억 이하, 월세 보증금2천, 월세80만원 (연960만원), 수원시(조정지역X)
- 임대대상 2 : 60~85제곱미터, 공시지가 6억 이하, 월세 보증금3억, 월세70만원 (연840만원), 성남시(조정지역O)
- 작년의 직장에서의 근로소득은 과표구간 8800만~1.5억 구간이며 세율 35%에 해당됩니다.
@ 문의내용:
1. 임대사업자 등록시 종합소득세의 계산은 직장 소득과 어떻게 처리 되는지요? 합산? 개별? 예를 들어, 임대소득이 월세 기준 1800만원인데 이 소득도 35%의 세율로 납입하는지요?
2. 2017년까지는 임대소득 2천만원 이하인 경우 비과세 된다고 들었는데, 이후 어떻게 변경되는지요?  변경된다면 위 1번의 계산방식도 변경되는지요?
3. 직장인 근로자라서 이미 직장에서 건강보험을 내고 있습니다. 임대사업자 등록시 건강보험은 직장소득과 임대소득까지 합산해서 6.12%를 내게 되는지요? (직장은 개인/회사 각각 3.06%)  만약 직장 퇴직시에는 건강보험이 어떻게 처리되는지요?
4. 종합소득세에 임대사업자의 임대주택 합산 배제는 임대사업자 등록한 연도 부터 인가요?

답변일2017-08-08
답변:임대사업자 등록시 종합소득세는 어떻게 되는지요?
 
[종합소득세 분야]
안녕하십니까? 항상 국세행정에 대한 관심과 협조에 감사드립니다.
1. 2. 2018년 과세기간까지 주택임대수입이 연간 2천만원 이하라면 비과세 소득에 해당하므로 종합소득세 신고시 합산되지 않는 것이나 , 2019년 과세기간 이후부터 연간 주택임대수입이 2천만원이하라면  종합소득 결정세액은 (1),(2) 중 하나를 선택하여 적용하는 것입니다.
(1)근로소득금액과 주택임대소득금액을 합산하여 계산한 종합소득세 결정세액
(2) 가 ＋ 나
가.  주택임대소득에 대한 사업소득금액 × 14%
나. 주택임대소득을 제외한 종합소득에 대한 결정세액

다만 연간주택임대수입이 2천만원을 초과한다면 근로소득금액과 주택임대소득금액을 합산하여 산출된 과세표준 구간에 따른 세율을 적용하여 결정세액을 산출하는 것입니다.
이때 연간 주택임대수입 금액 계산시 본인 거주 주택을 포함하여 1세대 3주택이상자로서 보증금 등의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 아래와 같이 계산한 간주임대료를 주택임대수입금액에 포함하여야 하는 것입니다.
* 간주임대료= [해당과세기간의 보증금 등 -3억원 ]의 적수 × 1/365 × 정기예금이자율 - 해당 과세기간의 임대사업부분에서 발생한 금융수익의 합계
즉 1세대 3주택 이상자는 월세수입과 간주임대료 수입을 합산한 금액을 기준으로 주택임대수입이 2천만원이하인지 여부를 판단하여야 하는 것입니다.

3. 본 상담센터는 국세상담센터로서 건강보험료 산정방법에 대한 답변이 불가한 점 양해하여 주시기 바라며 해당 문의는 번거로우시더라도 국민건강보험공단(T.1577-1000)에 문의하여 확인해 주시기 바랍니다.
 
[참고법령]
소득세법 제12조 【비과세소득】
다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. <개정 2010.12.27, 2011.7.25, 2011.9.15, 2012.2.1, 2013.1.1, 2013.3.22, 2014.1.1, 2014.3.18, 2014.12.23, 2015.12.15, 2016.12.20>
2. 사업소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득
가. 논·밭을 작물 생산에 이용하게 함으로써 발생하는 소득
나. 1개의 주택을 소유하는 자의 주택임대소득(제99조에 따른 기준시가가 9억원을 초과하는 주택 및 국외에 소재하는 주택의 임대소득은 제외한다) 또는 해당 과세기간에 대통령령으로 정하는 총수입금액의 합계액이 2천만원 이하인 자의 주택임대소득(2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세기간까지 발생하는 소득으로 한정한다). 이 경우 주택 수의 계산 및 주택임대소득의 산정 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
소득세법 제25조 【총수입금액 계산의 특례】
① 거주자가 부동산 또는 그 부동산상의 권리 등을 대여하고 보증금·전세금 또는 이와 유사한 성질의 금액(이하 이 항에서 "보증금등"이라 한다)을 받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 사업소득금액을 계산할 때에 총수입금액에 산입(算入)한다. 다만, 주택을 대여하고 보증금등을 받은 경우에는 3주택[주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1호(戶) 또는 1세대당 60제곱미터 이하인 주택으로서 해당 과세기간의 기준시가가 3억원 이하인 주택은 2018년 12월 31일까지는 주택 수에 포함하지 아니한다] 이상을 소유하고 해당 주택의 보증금등의 합계액이 3억원을 초과하는 경우를 말하며, 주택 수의 계산 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2012.1.1, 2014.1.1, 2016.12.20>
소득세법 제64조의2 【주택임대소득에 대한 세액 계산의 특례】
① 분리과세 주택임대소득이 있는 거주자의 종합소득 결정세액은 다음 각 호의 세액 중 하나를 선택하여 적용한다.
1. 제14조제3항제7호를 적용하기 전의 종합소득 결정세액
2. 다음 각 목의 세액을 더한 금액
가. 분리과세 주택임대소득에 대한 사업소득금액(분리과세 주택임대소득을 제외한 해당 과세기간의 종합소득금액이 2,000만원 이하인 경우에는 400만원을 차감한 금액)에 100분의 14를 곱하여 산출한 금액
나. 가목 외의 종합소득 결정세액
② 분리과세 주택임대소득에 대한 종합소득 결정세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

[ 종합부동산세 분야]
주택분 종합부동산세의 납세의무자는 매년 과세기준일(6월 1일) 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과(1세대 1주택자인 경우에는 9억원)하는 경우 납세의무가 있습니다.
따라서 1세대 2주택 이상인 경우로서, 인별로 소유하는 주택의 공시가격을 합산하여 그 금액이 6억원을 초과한다면 주택분 종합부동산세가 과세됩니다.
다만, 2채 이상의 주택의 공시가격 합계액이 6억원을 초과하더라도 임대하는 주택에 대하여 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호에 따른 합산배제 임대주택의 요건을 갖추어 합산배제신청(매년 9.15~9.30사이에 신청함)하는 경우에는 그 임대주택은 종합부동산세가 과세되지 않습니다.
즉 그 합산배제임대주택을 제외한 주택의 공시가격만을 합산하여 종합부동산세 과세여부를 판단하는 것입니다.
1. 합산배제 매입임대주택의 요건은 다음과 같습니다.
① 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 지방자치단체(시,군,구청)에 임대사업자등록과 세무서 사업자등록을 하고 임대하는 주택일 것
(이 경우 과세기준일(6월 1일) 현재 임대를 개시한 자가 합산배제신고기간 종료일(9.30)까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 보는 것임)
② 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제8항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것
③ 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것
④ 1호 이상의 주택을 임대할 것